Новоспасский монастырь стал известным местом погребения московской знати, прежде всего, бояр Романовых, во второй половине XV века, почти сразу после перенесения обители великим князем Иоанном III на Васильевский стан..
Основатель Николо-Пешношской обители преподобный Мефодий почитался святым задолго до своего официального прославления. Труды и подвиги, благочестивая жизнь и дела милосердия сделали его примером для многих поколений монахов Пешношского монастыря.
О дате рождения и о родителях преподобного Мефодия никаких сведений не сохранилось. Известно, что ещё достаточно молодым человеком, в середине XIV века, он стал одним из первых учеников преподобного Сергия Радонежского.
Преподобный Мефодий провел у «игумена земли Русской» несколько лет, а затем возжелал уединенного и безмолвного жития. В 1361 году он, по благословению своего учителя, удалился в непроходимые леса и болота в окрестностях Дмитрова. Там, на расстоянии 25 верст от города, у слияния Яхромы и небольшой речки, которая впоследствии будет названа Пешношей, святой устроил свою келью.
В каждой обители по молитвам верующих совершались и совершаются чудеса. Николо-Пешношский монастырь - не исключение. Свидетельством того, что и сейчас по молитвам верующих Господь являет свою милость, служат принесённые благодарными паломниками многочисленные украшения для монастырских икон. Нынешний настоятель обители отец Григорий рассказывает, что даже его поставление во игумена Николо-Пешношского монастыря произошло, можно считать, с чудесным знамением.
Однажды во сне он увидел архиерея в сопровождении двух священников. Они подошли и начали о чем-то совещаться. Отец Григорий услышал, что разговор идет о нём. По облачению архиерея отец Григорий узнал в нём святителя Тихона Задонского. Святитель благословил игумена Пешношской обители. А 26 августа, в день празднования святителю Тихону Задонского отца Григория назначили настоятелем Николо-Пешношского монастыря.
Уникальный некрополь Николо-Пешношского монастыря хорошо знали в прежней России. На этом кладбище хоронили представителей почти всех знатных дворянских родов. Сначала в Николо-Пешношской обители погребали только настоятелей и монахов. В монастыре почивают мощи преподобного Мефодия Пешношского и блаженного монаха Ионы, покоится прах видных архиереев XVI века: епископа Коломенского Вассиана (Топоркова) и епископа Тверского Гурия, а также братии, погибшей во время нападения поляков на обитель в 1611 году.
Так было положено начало дворянскому кладбищу на Пешноше. Интересно, что захороненный позже здесь же, на паперти Никольского собора, епископ Коломенский Вассиан (Топорков), племянник преподобного Иосифа Волоцкого, бывший духовником великого князя Московского Василия III (отца Ивана Грозного), также принадлежал к древнему роду Топорковых. Впоследствии в монастыре знатных мирян стали хоронить всё больше...
Согласно монастырскому преданию, обитель была основана именно в это время.
1237:
Взятие Рязани Батыем.
1534:
Монастырь разоряется татарами.
1572:
Новое разорение обители от татар.
1682:
Повелением царя Фёдора Алексеевича у монастыря отнимается право пользоваться доходами от вотчин. Отныне они перечисляются на содержание Заиконоспасского училища.
1684:
Монастырь разграбляют разбойники, жестоко избив настоятеля и казначея.
1692:
Святейший Патриарх Московский и всея Руси Адриан благословляет настоятелю Богословской обители архимандриту Антонию и последующим настоятелям совершать богослужения в среброкованной митре. В этой же грамоте Патриарха Иоанно-Богословский монастырь назван третьим по значению среди всех монастырей Рязанской епархии.
1716:
Пётр I дозволяет поправить монастырские строения за счет оброчных денег, взимаемых с крестьян.
1744:
Проведена ревизия, согласно которой в монастырских деревнях значится 3811 душ.
1764:
У Иоанно-Богословского монастыря изъяты почти все земельные владения, сам он отнесён к третьему классу.
1865:
Настоятелем монастыря становится иеромонах Виталий (Виноградов), казначей рязанского архиерейского дома.
1867:
Открытие при обители училища для крестьянских детей.
1892:
У монастыря появляется подворье в Рязани.
1918:
Конфискация монастырских земель и имущества новой властью.
1931:
Арест архимандрита Зосимы (Мусатова) и всей братии монастыря. Закрытие обители.
1988:
Возвращение Иоанно-Богословского монастыря Русской Православной Церкви.