В «темный» период монастырь выдержал натиск Польско-Литовских интервентов, длившийся 16 долгих месяцев, под руководством Сапеги и А.Лисовского. Этот час стал поддержкой еще одного ополчения Минина и Пожарского. Не малое вложение в освобождение привнесли архимандрит Дионисий и келарь Авраамий Палицын, которые помогали Ополчению большими пожертвованиями и поддерживавшие боевой дух войска. В последний раз храм «ощущал» на себе руку врага еще в 1618 году, в совершении похода на Москву польским королевичем Владиславом.

К монастырю были благосклонны цари России, они довольно часто устраивали паломничества к святыням Троице-Сергия (Троицкий ход). В соборе даже было осуществлено крещение Ивана Грозного. В 1682 году, в ходе Стрелецкого бунта, храм был убежищем и приютом для царевны Софьи Алексеевны, и царевичей Ивана и Петра. В середине 16-го столетия в лавре сокрылся беженец из Москвы Пётр I, при котором в приюте появилась светлая горничная с храмом преподобного Сергия Радонежского. В тот период, именно там, в Троице-Сергиевой лавре производился приговор расправы над врагами Софьи. И именно из этого храма единовластным управителем Пётр выехал в Москву. Ну а уже в 17-м столетии изменился механизм управления монастырём: и храм стал подвластен Духовному совету.