Первоначальным возрождением жизни монахов в Лавре считается 1946 год. Сам Патриарх Алексий I был поставлен отцом-настоятелем, а уже заместителем после открытия стал архимандрит Гурий Егоров. Троице-Сергиевский монастырь остался главным местонахождением патриархов до 1983 года, после переведения резиденции в Московский монастырь Данилов. Все мощи святейшего Сергия были отданы наместнику посредством акта, под вечер 20 апреля 1946 года и перевезены в Успенский собор, который вернули в этом же году Патриархии. Изначальная литургия была проведена в Успенском соборе в ночь перед Пасхой, 21 апреля в 1946 году. А уже в августе этого же года заместителем стал архимандрит Иоанн Разумов. 21 ноября, в начале 19-го столетия Патриарх Алексий посвятил еще рас горницу храма, которая была закрытой для служения Богу с 1921 года.

В завершении 1946 года в Лавру приехал Эллиот Рузвельт (Elliott Roosevelt),сын тогдашнего президента Америки Франклина Рузвельта, вместе со своей супругой, которых встретили заместитель архимандрит Иоанн с братьями храма. В дальнейшие годы еще до развала Советского союза похожие проявления религиозной свободы в советское время стало обыкновенным в практике духовенства.