Получив в 1432 году в Орде ярлык на великое княжение, князь Василий II приехал на богомолье «к Троице», тем самым положив начало традиции «государевых богомолий». С тех пор все до единого российские венценосцы молились у раки преподобного Сергия о благополучии порученного им Богом Отечества.
Преподобный Сергий Радонежский дожил до глубокой старости. За полгода до смерти, предвидя скорую кончину, святой игумен поручил обитель управлению своего ученика Никона, а сам предался совершенному безмолвию. В сентябре 1392 года он тяжко заболел, призвал братию и заповедал им любить друг друга нелицемерно, хранить единомыслие, чистоту душевную и телесную, учиться смирению. Перед самой кончиной, 25 сентября, преподобный причастился и предал свою душу Господу. Тотчас же келья наполнилась благоуханьем, а лик богоносного старца просиял дивным светом. Осиротевшие ученики погребли праведника в Троицкой церкви. Игуменом обители стал преподобный Никон Радонежский - «совершенный ученик совершенного учителя». При нём монастырь, сожженный Едигеево нашествие, буквально возродился из пепла.



25 сентября 1412 года, в день памяти преподобного Сергия, был освящен деревянный Троицкий собор. Спустя десять лет, 5 июля 1422 года, при копании рвов под фундамент
нового каменного собора были обретены святые мощи преподобного Сергия. Когда открыли гроб, вокруг распространилось благоухание и все увидели, что тление не коснулось не только тела, но и облачения преподобного. Святые мощи положили в раку и поставили в Троицком храме.
На месте погребения преподобного искусные зодчие выстроили прекрасный белокаменный Троицкий собор, для росписи которого из Спасо-Андроникова монастыря были вызваны Даниил Черный и Андрей Рублев. Рублев написал здесь свой знаменитый храмовый образ Святой Троицы - одну из самых почитаемых на Руси чудотворных икон.



После освящения нового Троицкого собора туда были перенесены святые мощи устроителя обители. Слава Троице-Сергиева монастыря привлекала могущественных паломников и благотворителей. Не прошло и полувека после кончины Сергия, а обитель уже стала главной святыней Московского княжества. Так, известно, что супруга Иоанна III София Палеолог ходила «к Троице» молиться о даровании наследника. И было ей видение: светлый старец, похожий на образ святого Сергия, бросил княгине на руки младенца.


Через год, на Благовещение в 1479 году, над ракой преподобного был крещен её обетованный сын Василий. Став великим князем, Василий III тоже часто молился угоднику Божию и посвятил ему долгожданного сына. В 1530 году младенец Иоанн, будущий царь Грозный, был крещен в Троицком соборе.


Первоначально мощи преподобного переложили из гроба, в котором они находились в земле, в деревянную раку, раскрашенную, серебреную (или золоченую) и украшенную резьбой. В этой раке они пребывали до 15 августа 1585 года, когда её заменили на новую, изготовлявшуюся около 30 лет. Приклад к раке составлял образ Святой Троицы, о котором в описи 1641 года говорится: «А над главою чюдотворца Сергия образ живоначальные Троицы золотой чеканной, в венце у Троицы яхонт лазорев, да два лалика, да четыре жемчюги на спнех, да около низано жемчюгом; а по сторонам у живоначалные Троицы над главою же чюдотворца Сергия резаны две иконы на яшме, а по полям на цке двадцать святых золоты».
В 1737 году императрица Анна Иоанновна устроила над ракой великолепную серебряную сень на четырех столбах, на которую пошло более 25 пудов серебра. У раки преподобного находились иконы его «моления », то есть келейные, - Богородицы Одигитрии и Николая Чудотворца. Здесь же хранились принадлежавшие ему священническая риза, епитрахиль, поручи, деревянный посох, аналав от схимы, ножик с влагалищем и ложка.